Saat itu, kota tersebut sebagai wilayah pertahanan militer dan wilayah pemerintahan. Sebagian, wilayah lainnya digunakan sebagai permukiman, sarana sosial, pendidikan, dan kesehatan.
Kota Jayapura memiliki dua pusat kota yang merupakan pusat pertumbuhan, yaitu Kecamatan Abepura dan Kecamatan Jayapura Utara.
Terbentuknya dua kota ini tidak telepas dari sejarah Kota Jayapura. Dimana sebelumnya, dua kota tersebut merupakan pusat Kota Hollandia yang ditetapkan oleh pemerintah Belanda dan pasukan sekutu.