Giovanni menikah dengan Marieke dan dikaruniai dua putra. Pada 2008, keduanya mendirikan Yayasan Giovanni van Bronckhorst yang fokus membantu anak-anak kurang beruntung di Rotterdam agar mampu mengembangkan keterampilan hidup melalui aktivitas olahraga.
Hubungan keluarga Giovanni dengan Indonesia juga terlihat dari kunjungan kedua orang tuanya ke Maluku beberapa waktu lalu.
Momen ini sempat memunculkan spekulasi bahwa Giovanni mungkin saja akan terlibat dalam sepak bola Indonesia.