Setelah meninggalkan dunia media, Thomas beralih ke sektor keuangan internasional.
Ia sempat bekerja sebagai analis di Whitlock NatWest Securities, Hong Kong, sebelum kembali ke Indonesia dan terjun ke dunia bisnis.
Namanya kemudian dikenal luas di Arsari Group, perusahaan agrobisnis nasional, tempat ia menempati berbagai posisi strategis, mulai dari Direktur Pengembangan Bisnis, Deputi CEO, hingga CEO selama lebih dari satu dekade.
Di ranah politik, Thomas aktif di Partai Gerindra sejak 2008 dan pernah menjabat sebagai bendahara umum. Namun, ia mengundurkan diri dari jabatan struktural partai per 31 Desember 2025, seiring langkahnya masuk lebih jauh ke birokrasi pemerintahan.
Baca Juga:Noel Ebenezer Wanti-wanti Soal Persoalan Hukum, Purbaya: Biar SajaSeorang Balita Perempuan Diduga Terseret Arus Kali Cikarang Saat Bermain, Tim Gabungan Lakukan Pencarian
Pada 18 Juli 2024, Thomas Djiwandono dilantik sebagai Wakil Menteri Keuangan, mendampingi menteri keuangan dalam penyusunan dan pelaksanaan kebijakan fiskal nasional di Kabinet Indonesia Maju hingga Kabinet Merah Putih.
Memasuki awal 2026, Presiden Prabowo Subianto mengusulkan nama Thomas sebagai calon Deputi Gubernur Bank Indonesia, bersama dua kandidat lain, Dicky Kartikoyono dan Solikin M Juhro.
Setelah melalui proses fit and proper test di Komisi XI DPR RI, Thomas terpilih secara mufakat untuk menduduki posisi strategis tersebut.